Martin Faber orientierte sich bei der Konzeption und dem Bau der Neuen Kirche an der Noorderkerk in Amsterdam (Bild rechs), die im Grundriss einem griechischen Kreuz mit vier gleichen Kreuzarmen entspricht. Allerdings entschied man sich in Emden, auf den südlichen Arm des Kreuzes zu verzichten, so dass die Neue Kirche einen west-östlichen Hauptarm und einen weiteren nord-südlichen Arm ohne den Südflügel erhielt. Die beiden Zwischenräume am Nordflügel wurden durch dreieckige Räume mit repräsentativen Eingängen geschlossen.

Die Gesamtanlage ist vom niederländischen, bewusst schlicht gehaltenen Frühbarock geprägt.

Der auffällige Glockenturm zeigt eine Nachbildung der Habsburger Kaiserkrone, die Rudolph II. um 1600 neu schaffen ließ. Sie sollte deutlich machen, dass sich Emden selbst verwaltete und den Status der Reichsunmittelbarkeit für sich in Anspruch nahm, sich also nur dem Kaiser, nicht aber dem ostfriesischen Landssherrn unterstellen wollte.